بخش مخزن کتابخانه مرکزی یزد، در فضایی حدود ۸۰۰ متر مربع قرار دارد و دارای ظرفیتی حدود ۲۰۰ هزار جلد کتاب است که با طراحی صورت گرفته قابلیت افزایش نیز دارد. برای افتتاح کتابخانه ۵۰ هزار جلد کتاب در مخزن و ۲۵ هزار جلد کتاب در بخش ناشنوایان و نابینایان و کودک و نوجوان آماده شده و در ادامه به این منابع افزوده خواهد شد.